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Mauthausen ist eine Marktgemeinde in Oberösterreich im Bezirk Perg im Mühlviertel am westlichen Rand des Machlands  und war bis 31. Dezember 2013 Sitz des Bezirksgerichts für den Gerichtsbezirk Mauthausen. Seit 1. Jänner 2014 befindet sich das zuständige Bezirksgericht in der Stadt Perg. Der unmittelbar an der Donau liegende Markt befindet sich 15 km östlich von Linz auf 265 m ü. A.

Der Ort entwickelte sich an einer Ende des 10. Jahrhunderts von den Babenbergern gegründeten Mautstätte und wurde 1192 als „Muthusin“ erstmals urkundlich erwähnt. 1335 werden im Urbar von Baumgartenberg erstmals Marktrechte genannt die später mehrmals bestätigt wurden. 1505 wurde bei Mauthausen eine erste Donaubrücke aus Holz gebaut, die später durch Fähren (Fliegende Brücke) ersetzt wurde. Wirtschaftliche Bedeutung erlangte Mauthausen als Zwischenstation im Salzhandel am Linzer Steig. Bekannt wurde Mauthausen im 19. Jahrhundert durch den von der Mauthausner Steinindustrie in die großen Städte der österreichisch-ungarischen Monarchie gelieferten Mauthausner Granit. Die heutige flächenmäßige Ausdehnung des Gemeindegebietes entstand durch die Eingemeindung der bis dahin selbständigen Katastralgemeinde Haid am 1. November 1938.

Zwischen 1938 und 1945 befand sich im Nordosten des Gemeindegebietes das KZ Mauthausen, das größte Konzentrationslager der Nationalsozialisten in Österreich.

Ab den 1970er Jahren siedelten sich zahlreiche Handelsbetriebe entlang der Donau Straße B 3 an und unmittelbar bei den Mauthausner Donaubrücken entstand das Einkaufszentrum Donaupark Mauthausen. Mit der Lage an der Donau und der von Süden in diese mündenden Enns waren häufige Überschwemmungen und mehrfach Hochwasserkatastrophen verbunden, zuletzt 1954 und 2002, weshalb 2010 ein mobiler Hochwasserschutz als Teil des Machlanddamms errichtet wurde.